Sv. Vincenta prekvapila ponuka priora, aby prevzal správu tohto komplexu, ale dlho sa nevedel rozhodnúť. Prior celý rok naliehal na Vincenta, ktorý až na doporučenie svojho spovedníka, konečne vyjadril súhlas. Oficiálne prevzatie opátstva sa uskutočnilo 8. januára 1632. Jeden z hlavných dôvodov Vincentovho váhania bola pravdepodobne obava, že jeho duchovné spoločenstvo v tejto obrovskej stavbe sa uzavrie do rehoľného spôsobu života, čím by stratilo misijný charakter a poslanie evanjelizovať vo svete. Sv. Vincentovi sa šťastne podarilo zažehnať toto nebezpečenstvo. Aj rozsiahle priestory kláštora využil na rôzne charitatívne diela.
.jpg)
Krátko po tom sa Vincent v jednom zo svojich listom zdôveril sv. Lujze o svojej bolesti na nohe a slabšej nevoľnosti z rany, ktorú mu voľakedy spôsobil šíp tureckých pirátov. V skutočnosti to boli začiatky silných bolestí, ktoré ho sprevádzali do konca života.
V Ríme sa už konali pojednávania ohľadne udelenia pápežského schválenia pre Misijnú spoločnosť. Sv. Vincent v jednom svojom liste poveril Františka de Coundray, aby za Misijnú spoločnosť viedol rozhovory s najväčšou skromnosťou a bez akýchkoľvek intríg urýchlene dosiahol ich úspešné ukončenie. Rád prízvukoval: "Pravda a pokora sa veľmi hodia k sebe."
Pápež Urban VIII. schválil Misijnú spoločnosť 12. januára 1632.